Los ecosistemas de humedales que existen en el altiplano de la Región de Atacama son del ecotipo Continental, de las clases: Evaporación, Afloramientos Subterráneos y Escorrentía, de acuerdo a la “Estrategia Nacional para la Conservación y Uso Racional de los Humedales en Chile” (CONAMA, 2005).

Al igual que en las regiones anteriores, en el sector altoandino de esta región predominan los humedales del tipo Evaporación.

Ejemplo de humedales andinos de evaporación de Atacama son la Laguna Santa Rosa y la Laguna Negro Francisco, ubicadas en el parque Nacional Nevado de Tres Cruces, ambas declaradas sitios RAMSAR el año 1996. La importancia fundamental de este parque, además de conservar y proteger la formación vegetal de la Estepa Desértica y de los Salares Andinos, está dada por la existencia, dentro de sus límites, de lugares de descanso y refugio de gran número de especies de avifauna andina, tales como piuquenes, las tres especies de flamencos del norte de Chile, taguas, perdices cordilleranas y otras aves. Existen en el área 16 especies de fauna con problemas de conservación.

Además del Parque, el sector altoandino de Atacama cuenta con atractivos turísticos como el Volcán Ojos del Salado, muy cercano a la Laguna Verde donde es posible encontrar aguas termales.